Sistem akuntansi dan pelaporan keuangan pemerintah yang modern sebagai paradigma baru dalam sistem pengelolaan keuangan negara dikembangkan dan disosialisasikan baru mulai tahun 2005 dengan mengacu pada SAP. Opini disclaimer tidak dapat dihindari untuk tahun-tahun awal akibat adanya kendala yang dihadapi dalam penerapan sistem pengelolaan keuangan negara. Kendala-kendala yang dihadapi di tahun-tahun awal tersebut antara lain menyangkut sistem akuntansi dan pelaporan keuangan, seperti penyiapan peraturan, sistem, dan infrastruktur yang belum sempurna, kurangnya komitmen pimpinan K/L, banyaknya jumlah satker yaitu sekitar 22.400 yang masih belum memiliki kompetensi akuntansi pemerintahan, serta belum tersedianya SDM dengan kualitas memadai di bidang keuangan dan akuntansi. Untuk menerapkan SAP yang konsisten dengan standar yang diinginkan, diperlukan perubahan pola pikir (mindset), kompetensi, dan integritas dari seluruh pihak yang terlibat. Pemerintah telah dan akan terus meningkatkan kualitas LKPP dengan perbaikan sistem dan prosedur serta kualitas SDM-nya.
Upaya-upaya perbaikan telah dilakukan oleh Pemerintah, sebagaimana telah diakui pula oleh BPK dalam LHP BPK atas LKPP TA 2008, yaitu: (1) tidak membatasi lingkup pemeriksaan penerimaan dan piutang pajak; (2) menyusun Laporan Keuangan Bendahara Umum Negara (LKBUN); (3) menyempurnakan aplikasi administrasi penerimaan perpajakan; (4) mengungkapkan secara memadai belanja di luar mekanisme APBN yang berasal dari rekening antara penerimaan; (5) menertibkan rekening pemerintah; (6) menyajikan sebagian besar penyertaan modal negara berdasarkan laporan keuangan yang telah diaudit; (7) melakukan inventarisasi dan revaluasi atas aset tetap; dan (8) menyempurnakan administrasi pinjaman luar negeri khususnya penyajian saldo pinjaman luar negeri.
Pemerintah telah dan akan terus menindaklanjuti temuan audit BPK yang dinyatakan dalam rencana tindak temuan audit BPK. Penting untuk dipahami bahwa terdapat temuan yang dapat diselesaikan dalam jangka pendek (kurang satu tahun), menengah, dan panjang sesuai dengan substansi dan jenis permasalahannya. Penyelesaian terhadap temuan pemeriksaan BPK selalu dilaporkan dan dibahas dengan BPK dan diketahui oleh DPR. Proses tersebut melibatkan berbagai unsur pemerintahan, baik dari segi sistem, peraturan, infrastruktur, bahkan penelusuran terhadap data dan aset dari masa lalu yang di masa lalu tidak pernah dicatat dan dikelola secara baik dan akuntabel, dan pengembangan SDM.